Določanje alarmov pri epidemiji COVID-19 v Sloveniji

Janez Stare in Nina Ružić Gorenjec

IBMI, Medicinska fakulteta UL

14. maj 2020 (posodobljeno 1. 10. 2020)

Epidemija COVID-19 v Sloveniji je v fazi sproščanja ukrepov. Ključnega pomena je, da v primeru ponovnega zagona epidemije pravočasno in primerno odreagiramo. Postavlja se vprašanje, na kakšen način in preko katerih podatkov lahko čim bolj natančno ocenimo, kdaj je prišlo do morebitnega novega zagona. Znano je, da so podatki o smrtih najbolj zanesljivi, vendar pa se smrti zgodijo z velikim zamikom glede na okužbo. Ob ocenjevanju preko smrti bi bili zato prepozni, podobno je s hospitalizacijami. Prva informacija, ki je na voljo, so seveda potrjeno okuženi, temeljni pomislek za njihovo uporabo pa je vpliv strategije testiranja. Kljub temu je naše mnenje (ki temelji na nekaterih opravljenih simulacijah), da manjša odstopanja od strategije (npr. intenzivnejše testiranje v nekem domu starejših občanov) ne vplivajo bistveno na delež potrjeno okuženih izmed testiranih v enem dnevu.

Predlagamo uporabo podatkov o deležu potrjeno okuženih izmed testiranih za določanje zgornje meje za še sprejemljive vrednosti. Pri tem uporabimo že razvito metodologijo, ki za zaporedje po velikosti urejenih vrednosti (v tem primeru delež potrjeno pozitivnih izmed testiranih) določi prag, do katerega je še možno, da imajo vrednosti enako povprečje. Natančen opis metodologije, ki upošteva ocenjene deleže z njihovo standardno napako in temelji na Monte Carlo pristopu, je v članku Random Cancers as Supported by Registry Data, avtorjev Stare, Henderson in Ružić Gorenjec, ki je bil sprejet v objavo maja 2020 v reviji Statistics in Medicine. Koda, ki implementira metodo v programskem jeziku R, je dostopna na tej povezavi.

Deleže potrjeno okuženih izmed testiranih za obdobje od 4. 3. do 28. 5. uredimo od najmanjšega do največjega. Ko določimo prvi prag po opisani metodologiji, vrednosti do tega praga odstranimo, še enkrat uporabimo metodo, s čimer dobimo drugi prag in ta postopek ponavljamo do konca. Rezultati so prikazani na spodnji sliki. Prva dva pragova sta zaradi kar nekaj dni brez potrjeno okuženih (takih je bilo deset dni) enaka 0, prvi neničelni prag je tako 0.001 (zeleno območje), naslednji prag je enak 0.013 (modro območje), zadnji pa 0.036 (svetlo rdeče območje). Vrednosti nad 0.036 so v temno rdečem območju, ko je bil delež okuženih največji.

Isti podatki in pragovi so prikazani na drugi sliki, tokrat urejeni po dnevih. Navpična zelena črta (zelo kratka) prikazuje prvi dan, od katerega dalje so vse vrednosti v zelenem območju, navpična modra črta pa prvi dan, od katerega dalje so vse vrednosti v modrem ali zelenem območju, podobno velja za rdečo navpično črto.

Na zadnji sliki spremljamo deleže po 28. 5. 2020 in opazujemo, v katero območje se uvrstijo. Ob preskoku iz zelenega oz. modrega območja v rdeče velja premisliti o strožjih ukrepih, do takrat pa podatki o deležu potrjeno okuženih izmed testiranih ne nasprotujejo domnevi, da so razlike med deleži posledica naključne variabilnosti. Alarmi so zaenkrat nastavljeni pri vrednosti p = 0.05, lahko jo poljubno spremenimo. Na sliki je za vsak dan dodan še delež okuženih izmed testiranih v zadnjih 7 dneh (v sivem), ki je v času bolj stabilen kakor dnevni delež okuženih.

Delež dnevno okuženih bomo posodabljali s podatki iz COVID-19 sledilnika.

Do 5. 6. smo spremljali deleže glede na pragove določene na podatkih od 4. 3. do 1. 5. 2020, ta analiza je dostopna na tej povezavi.

 

Na kratko o IBMI

Inštitut za biostatistiko in medicinsko informatiko (IBMI), prej Inštitut za biomedicinsko informatiko (torej tudi IBMI), je Medicinska fakulteta ustanovila leta 1973 kot izraz potrebe po izvajanju in usklajevanju del, vezanih na analizo podatkov in posredovanje informacij. Program dela in razvoja se je skozi čas prilagajal predvsem spremembam pri financiranju in tehnološkemu napredku, vendar so temeljne smernice ostale enake: inštitut se predvsem posveča dejavnostim, ki so pomembne za raziskovalno delo v medicini. Te pa lahko razdelimo na:

Kontakt

Inštitut za biostatistiko in medicinsko informatiko
Medicinska fakulteta
Univerza v Ljubljani
Vrazov trg 2, 1000 Ljubljana, Slovenija

tel: (01) 543-77-70
fax: (01) 543-77-71
email: ibmi (at) mf.uni-lj.si