Infrastrukturni center za bibliometrijo

Center za bibliometrijo, odkrivanje znanja iz podatkovnih zbirk in znanstveno komuniciranje

Infrastrukturni center deluje v okviru MRIC UL in deloma ga financira ARRS.

Infrastrukturni center vodi doc. dr. Brane Leskošek, sestavljajo pa ga še sodelavci in oprema Inštituta za biostatistiko in medicinsko informatiko (IBMI) Medicinske fakultete v Ljubljani. S storitvami centra podpiramo raziskovalno delo v slovenski medicini, pa tudi razvoj v nekaterih evropskih projektih, v katerih so sodelavci IBMI pomembni partnerji..

Področja, na katerih Infrastrukturni center nudi svoje znanje in storitve

1. Biostatistične analize v Biostatističnem centru

Biostatistični center je zaenkrat neformalna oblika delovanja statistikov na področju biomedicinskih ved. Glavni namen delovanja centra je dvig kakovosti in povečanje obsega biostatističnega znanja v Sloveniji. Več o programskih izhodiščih...

2. Bibliometrične raziskave in analiza citiranosti

Področje bibliometrije (oziroma scientometrije) se ukvarja predvsem z merjenjem odmevnosti raziskovalnega dela. Metode temeljijo na merjenju vpliva publikacij, dokaz za vpliv pa je največkrat citiranost publikacije. Odmevnost se meri na najrazličnejših nivojih: največkrat je to odmevnost posameznika, lahko gre za odmevnost raziskovalne skupine, panoge znanosti, nacionalne znanstvene produkcije, merjena je bila odmevnost znanstvenih revij (in primerjana s standarnim Garfieldovim faktorjem vpliva), opravljene pa so bile celo analize odmevnosti raziskovalnih idej, pojmov in kemičnih substanc.

V okviru infrastrukturnega centra se ukvarjamo z analiziranjem značilnosti publiciranja v slovenski medicini. Zanima nas predvsem uporaba Hirschevega indeksa za opisovanje odmevnosti objav na nivoju posameznika, raziskovalne skupine, medicinske panoge in celotne stroke ter primerjava uporabnosti tega enostavnega indeksa z nekaterimi uveljavljenimi bibliometričnimi kazalci. Preučujemo tudi vpliv tujega soavtorstva na vplivnost (odmevnost) neke programske skupine in ali tuje soavtorstvo različno vpliva na odmevnost objav v različnih znanstvenih disciplinah.

3. Avtomatizacija gradnje spletnih sistemov za upravljanje s podatki

Pomemben del dejavnosti infrastrukturnega centra sodi na področje upravljanja s podatki. Razvijamo in nudimo pomoč pri uporabi sistema za podporo spletnemu zbiranju podatkov in upravljanju z njimi. Sistem lajša gradnjo relacijskih zbirk poljubno kompleksnih podatkovnih objektov in gradnjo orodij za njihovo spletno zbiranje. Posebno pozorni smo na razvoj metod, ki zagotavljajo združljivost podatkov, usklajeno preverjanje formalne in vsebinske ustreznosti podatkov in njihovo varnost (pri prenosu in v sami zbirki). Programska oprema, ki jo razvijamo, omogoča visokonivojsko formalno opisovanje glavnih sestavnih delov bodočega sistema, vključno s podatkovno zbirko, spletnimi obrazci, algoritmi, ki povezujejo obrazce, programi za kontrolo podatkov, ipd, generiranje samega sistema pa v največji meri poteče avtomatsko, na osnovi teh formalnih opisov. V sedanji razvojni obliki programske opreme je pomoč informacijskega strokovnjaka sicer potrebna, vendar je omejena predvsem na svetovanje in razvoj nestandardnih informacijskih storitev. Omenjeno programsko opremo smo uporabili tako pri gradnji besedilnih in relacijskih zbirk, kot tudi za zbiranje podatkov, namenjenih statističnim obdelavam v multicentričnih študijah.

Sistem za podporo upravljanju s podatki smo v sedanji razvojni fazi uporabili v vsebinsko in organizacijsko zelo različnih projektih, med drugim v projektu, ki ga izvajamo z raziskovalci s Klinike za bolezni srca in ožilja. Gre za zahtevno prospektivno študijo, v kateri sodeluje preko 50 zdravnikov iz cele Slovenije. Isto programsko opremo uporabljamo tudi v raziskovalnih projektih, ki jih izvajamo kot sodelavci Onkološkega inštituta. Programska oprema za informacijsko podporo je bila (v tedanji razvojni obliki) zelo uspešno uporabljena v projektu Eurethnet v 5. okvirnem programu EU, ter v projektu Ethicsweb v 7. okvirnem programu EU. Podobno velja za Evropski projekt iz družine projektov ERASys v 7. okvirnem programu v katerem bodo člani infrastrukturnega centra sodelovali do leta 2013.

Cenik: zaenkrat dela s programsko opremo za upravljanje s podatki ne zaračunavamo, ampak vzpodbujamo uporabo v skupnih projektih.

Kazalci:

• Projekt Eureth.net (5. okvirni program EU), ki je uporabljal opisano programsko opremo za zbiranje bibliografskih podatkov iz novih članic EU.
• Projekt Ethicsweb (7. okvirni program EU):
  • Portal Ethicsweb z dostopom do zbirk, zgrajenih z opisano programsko opremo.
  • Podatki o projektu Ethicsweb v zbirki CORDIS.
• Projekt BioModUE_PTL, član projektne družine ERASysBio+ (7. okvirni program EU), ki uporablja opisano programsko opremo za zbiranje podatkov o EMG maternice.

Programska oprema za podporo upravljanju s podatki je tudi pomemben prispevek IBMI v prijavah na projekta SHEDE (Shared Ethical Debates in Europe: Values, Participation, and Governance) in EU-MoM (Electrophysiological Uterine Model for Obstetrical Monitoring). Oba projekta sodita še v 7. Okvirni program in sta trenutno v fazi evalvacije.

4. Odkrivanje znanja v podatkovnih zbirkah

V standardnih bibliografskih zbirkah je veliko znanja prisotnega implicitno in ga je mogoče izkopati šele z kombiniranjem informacij, objavljenih v različnih člankih. Znanstveno področje, ki se s tem ukvarja, se imenuje "Odkrivanje znanja na osnovi literature" (Literature-based discovery). Programska oprema, ki jo razvijamo, analizira porazdelitev informacij v velikih zbirkah tekstovnih podatkov v medicini in nanjo navezanih vedah, kot sta genetika in farmakologija. Pri tem je pomembno avtomatsko prepoznavanje entitet (npr. organizmov, bioloških entitet, substanc, ki so opisane v besedilih...) in ekstrakcija informacij - specifičnih dejstev o teh entitetah. Programska oprema, ki jo razvijamo in omogočamo njeno uporabo preko Spleta, povezuje znanje, odkrito v različnih besedilnih virih tako, da so rezultat nove potencialne povezave, nove hipoteze, ki so bile do zdaj spregledane, a implicitno prisotne v zbirkah besedil in nekaterih faktografskih zbirka s podatki o genih in kemičnih substancah.

Sistem za avtomatsko generiranje raziskovalnih hipotez nastaja v tesnem sodelovanju s strokovnjaki iz ameriške National Library of Medicine, ki je del National Institutes of Health.

Ustrezna programska oprema (BITOLA- A Biomedical Discovery Support System) je na voljo v odprtem dostopu vsej raziskovalni javnosti na spletnem naslovu http://webtools.mf.uni-lj.si/.

Cenik: zaenkrat dela s programsko opremo za odkrivanje znanja v podatkovnih zbirkah ne zaračunavamo, ampak vzpodbujamo uporabo v skupnih projektih.

5. Vzdrževanje bibliografij slovenskih biomedicinskih raziskovalcev

V to dejavnost sodi vnos podatkov o publikacijah slovenskih biomedicinskih raziskovalcev v zbirko COBISS, prenos teh podatkov v zbirko Biomedicina Slovenica (BioS) - nacionalno bibliografsko zbirko za področje medicine in sorodnih ved - ter vzdrževanje in posredovanje bibliografij oseb in institucij v formatih, skladnih z različnimi načini rabe. Urejena bibliografija raziskovalca je pogoj za akademska napredovanja in kandidiranje za raziskovalna sredstva (projekti in programi, ki jih financira ARRS).

Cenik: Cena za vnos zapisa o publikaciji v COBISS in BioS je 10 EUR + DDV (jesen 2014).

6. Uvajanje spletnih učilnic v pouk na MF

V okviru Infrastrukturnega centra razvijamo tudi sistem za e-učenje, ki ga nudimo kot infrastrukturo za pedagoško dejavnost na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani. Spletna učilnica Medicinske fakultete temelji na programski opremi Moodle, ki je dobro preizkušena, stabilna in jo uporablja veliko število fakultet v svetu in pri nas.

Spletna učilnica MF ima nekatere posebnosti, ki zahtevajo večjo angažiranost inštitucije, ki jo razvija (v tem primeru IBMI), kot pa je to običajno za infrastrukture drugih fakultet. Razlike izvirajo predvsem iz lastnosti učnih materialov na Medicinski fakulteti, ki imajo zelo pogosto občutljivo vsebino in iz lastnosti številnih, predvsem kliničnih, predmetov, ki nastajajo na več inštitutih in katedrah.

Dostop do občutljivega gradiva urejamo z večjim nadzorom nad uporabniškimi računi študentov. Študenti se v učilnico in k posameznim predmetom ne vpisujejo sami, ampak jih na začetku študijskega leta in na osnovi podatkov v Visokošolskem informacijskem sistemu (VIS), vpiše IBMI. Za razliko od večine drugih spletnih učilnic fakultet na slovenskih univerzah, predmetov ob koncu leta ne ugašamo ter obnavljamo praznih in ne otežkočamo dostopa študentom, ki so že naredili izpit pri tem predmetu. Vsak študent ima avtomatsko zagotovljen dostop do predmetov njegovega letnika in smeri študija, do izbirnih predmetov, h katerim je prijavljen in do predmetov, h katerim je bil prijavljen v preteklih letih. Zaradi takega pristopa imajo predmeti v nižjih letnikih nekaj tisoč prijavljenih uporabnikov in potreben je bil dodaten programski razvoj za avtomatsko oblikovanje skupin za komunikacijo med učitelji in študenti.

Obstaja varna povezava med VIS in Spletno učilnico MF, ki omogoča takojšnjo avtomatsko spremembo statusa študenta v učilnici. Zaradi takega pristopa ni zamud pri vključevanju študentov, ki se vpišejo kasneje, ki prestopijo z drugih fakultet, ali pa pridejo študirat s pomočjo inštitucije Erazmus.

Zaradi kompleksne strukture in razpršenega avtorstva nekaterih predmetov, predmete v Spletni učilnici MF zaenkrat odpiramo in določamo vloge v njih na IBMI. Ko bo uporaba te spletne infrastrukture popolnoma zaživela na vseh inštitutih in katedrah MF, bomo predali na njih vsaj še del odgovornosti pri vzdrževanju predmetov.

V aprilu 2013, dve leti po poskusnem zagonu Spletne učilnice MF, imamo spletne učilnice postavljene za 35 inštitutov in kateder MF (s 143 predmeti v zelo različnih fazah razvoja), med 35 učilnicami jih je 14 v resnem razvoju, 5 od njih pa v vsakodnevni rabi.

7. Zagotavljanje delovanja osrednje računalniške in komunikacijske opreme Medicinske fakultete

Osrednjo računalniške in komunikacijske opreme načrtuje in upravlja Računalniško informacijsko središče (RIS), ki je del IBMI. Opremo in storitve uporablja, poleg raziskovalcev na MF, tudi del raziskovalcev Univerzitetnega kliničnega centra.