Infrastrukturni center za ravnanje s podatki

Nekdanji Center za bibliometrijo, odkrivanje znanja iz podatkovnih zbirk in znanstveno komuniciranje

Infrastrukturni center MRIC IBMI deluje v okviru MRIC UL in deloma ga financira ARRS.

Infrastrukturni center za ravnanje s podatki (MRIC IBMI) vodi doc. dr. Brane Leskošek, sestavljajo pa ga še nekateri sodelavci Inštituta za biostatistiko in medicinsko informatiko (IBMI) Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani (UL MF). Z IKT opremo, storitvami in orodji MRIC IBMI na področju biomedicinske informatike pomagamo in svetujemo pri raziskovalnem delu v slovenski medicini ter sodelujemo v mednarodnih in nacionalnih projektih.

Področja, na katerih MRIC IBMI nudi svoje znanje in storitve

1. Ravnanje s podatki

Glavni namen področja ravnanja s podatki je dvig kakovosti, dostopnosti in izrabe generiranih digitalnih raziskovalnih podatkov, v skladu s pravili odprte znanosti in z načeli FAIR (iskanje, dostop/arhiviranje, izmenjava/interoperabilnost in ponovna uporaba podatkov). Za raziskovalce na UL MF in širše na področju ved o življenju organizirano nudimo svetovanje, storitve in orodja:

• Načrti za ravnanje z raziskovalnimi podatki (NRRP). Tu v sodelovanju s Središčem ELIXIR-SI upravljamo s slovensko različico orodja DSW (https://slovenia.ds-wizard.org), ki raziskovalcem omogoča pripravo, posodabljanje in spremljanje kakovosti NRRP-jev, tako za doktorske naloge kot za evropske in druge projekte.
• Hramba podatkov, repozitorij, raziskovalni registri in podatkovne zbirke. Raziskovalcem omogočamo dostop preko različnih digitalnih vmesnikov ter, da sami odločajo, katere podatke bodo javno objavili in katerih ne. Za raziskovalce smo razvili sistem, ki lajša gradnjo relacijskih zbirk poljubno kompleksnih podatkovnih objektov in gradnjo orodij za njihovo spletno zbiranje. Posebno pozorni smo na razvoj metod, ki zagotavljajo združljivost in izmenljivost  podatkov (t.i izmenjava/interoperabilnost, ang. Interoperability v okviru načel FAIR), usklajeno preverjanje formalne in vsebinske ustreznosti podatkov ter njihovo varnost (pri prenosu in v sami zbirki). Orodje, ki ga razvijamo, omogoča visokonivojsko formalno opisovanje glavnih sestavnih delov bodočega sistema, vključno s podatkovno zbirko, spletnimi obrazci, algoritmi, ki povezujejo obrazce, programi za kontrolo podatkov, ipd.. Generiranje samega sistema pa v največji meri teče avtomatsko, na osnovi teh formalnih opisov. V sedanji razvojni obliki programske opreme je pomoč informacijskega strokovnjaka sicer potrebna, vendar je omejena predvsem na svetovanje in razvoj nestandardnih informacijskih storitev. Omenjeno programsko opremo smo uporabili tako pri gradnji besedilnih in relacijskih zbirk, kot tudi za zbiranje podatkov, namenjenih statističnim obdelavam v multicentričnih študijah. Storitve in orodja ponujamo v sodelovanju s Središčem ELIXIR-SI na računski gruči ELIXIR-SI HPC.
• Analiza in obdelava podatkov: razvoj delotokov od zajema vzorcev, preko laboratorijske analize, preverjanja kakovosti, bioinformatike/analize (večinoma visokogostotnih) podatkov do interpretacije rezultatov. Izdelava in vzdrževanje vsebnikov (angl. containers) Docker in Singularity za izvedbo posameznih delotokov. Pri različnih korakih delotokov sodelujemo tudi s strokovnjaki drugih komplementarnih ved, kot so npr. strokovnjaki za delo v laboratoriju (farmacevti, biologi, biokemiki ipd.) in strokovnjaki za biostatistiko.
• Pomagamo pri drugih storitvah medicinske informatike in rešitvah v zvezi z elektronskimi zdravstvenimi zapisi ter standardi v medicinski informatiki (HL7 in OpenEHR). Tu še posebej tesno sodelujemo s skupnostjo HL7 Slovenija, katere ustanovni člani smo.
• Raziskujemo in uvajamo nove rešitve na področju digitalnih uporabniških vmesnikov (npr. videokonferenčni ali drugi informacijski grafični uporabniški vmesniki) za rabo v različnih biomedicinskih okoljih.

Cenik: Svetovanje ter pripravo, rabo in vzdrževanje storitev in orodij za ravnanje s podatki za potrebe projektov zaračunavamo po dogovoru in odvisno od potreb posameznega projekta, pri čemer vzpodbujamo uporabo v skupnih projektih. Za prijavo informativnega naročila storitve uporabljamo skupni obrazec Središča ELIXIR-SI: https://elixir-slovenia.org/naroci-storitev/.

2. Uvajanje spletnih učilnic v raziskovalno, pedagoško in strokovno delo na UL MF

V okviru MRIC IBMI razvijamo tudi sisteme za e-učenje, ki jih nudimo kot operativno infrastrukturo za pedagoško dejavnost na UL MF ter tudi za namene različnih raziskovalnih in strokovnih projektov. Spletna učilnica Medicinske fakultete temelji na programski opremi Moodle, ki je dobro preizkušena, stabilna in jo uporablja veliko število fakultet po svetu in pri nas. V okviru MRIC IBMI razvijamo in vzdržujemo številne posebnosti spletne učilnice UL MF (SU), kot npr. povezava z VIS, ki omogoča, da se dostopi do posameznih predmetov v SU avtomatsko sinhronizirajo z vpisi v VIS, za katerega skrbijo v študentski pisarni. Ekipa SU stalno dodaja in posodablja funkcionalnosti SU ter skrbi za njeno zanesljivo in varno delovanje.

Za namene ostalih raziskovalnih in strokovnih projektov smo vzpostavili spletno učilnico Lifelong - https://lifelong.mf.uni-lj.si, kjer smo postavili več različnih interaktivnih rešitev, npr. za izobraževanje specializantov družinske medicine (v sodelovanju s Katedro za družinsko medicino) in študentov/specializantov medicine na področju oskrbe oseb z demenco (v sodelovanju s Katedro za nevrologijo in projektom STUDICODE). V sodelovanju s Središčem ELIXIR-SI razvijamo platformo za učenje na daljavo evropske mreže ELIXIR, ki jo imenujemo ELIXIR-SI eLearning Platform (EeLP) in je na voljo na naslovu https://elixir.mf.uni-lj.si.

Cenik: Rabo, pripravo in vzdrževanje spletnih učilnic za potrebe projektov zaračunavamo po dogovoru in odvisno od potreb posameznega projekta, pri čemer vzpodbujamo uporabo v skupnih projektih.

3. Bibliometrične raziskave in analiza citiranosti

Področje bibliometrije (oziroma scientometrije) se ukvarja predvsem z merjenjem odmevnosti raziskovalnega dela. Metode temeljijo na merjenju vpliva publikacij, dokaz za vpliv pa je največkrat citiranost publikacije. Odmevnost se meri na najrazličnejših nivojih: največkrat je to odmevnost posameznika, lahko gre za odmevnost raziskovalne skupine, panoge znanosti, nacionalne znanstvene produkcije, merjena je bila odmevnost znanstvenih revij (in primerjana s standarnim Garfieldovim faktorjem vpliva), opravljene pa so bile celo analize odmevnosti raziskovalnih idej, pojmov in kemičnih substanc.

V okviru MRIC IBMI se ukvarjamo z analiziranjem značilnosti publiciranja v slovenski medicini. Zanima nas predvsem uporaba Hirschevega indeksa za opisovanje odmevnosti objav na nivoju posameznika, raziskovalne skupine, medicinske panoge in celotne stroke ter primerjava uporabnosti tega enostavnega indeksa z nekaterimi uveljavljenimi bibliometričnimi kazalci. Preučujemo tudi vpliv tujega soavtorstva na vplivnost (odmevnost) neke programske skupine ter ali tuje soavtorstvo različno vpliva na odmevnost objav v različnih znanstvenih disciplinah. Rezultate uporabljamo tudi za svetovanje na področju znanstvenega komuniciranja.

Cenik: Zaenkrat dela s programsko opremo za analiziranje citiranosti ne zaračunavamo, ampak vzpodbujamo uporabo v skupnih projektih.

4. Osrednja računalniška in komunikacijska oprema UL MF

Sodelavci MRIC IBMI pri svojem delovanju uporabljamo in tudi ponujamo del svoje opreme, storitev in orodij za delovanje osrednje računalniške in komunikacijske opreme UL MF. Osrednjo IKT opremo MRIC IBMI potrebuje predvsem za dostope posameznih raziskovalcev do orodij in storitev MRIC IBMI. Pri tem zelo dobro sodelujemo z Računalniško informacijskim središčem (RIS), ki upravlja z osrednjo računalniško in komunikacijsko opremo in je tudi del IBMI. Opremo in storitve RIS uporablja, poleg raziskovalcev na UL MF, tudi del raziskovalcev Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana.

5. Biostatistične analize

V sodelovanju z Biostatističnim centrom na IBMI sodelujemo pri svetovanju in pomoči raziskovalcem tudi na področju biostatističnih analiz.