Določanje alarmov pri epidemiji COVID-19 v Sloveniji

Janez Stare in Nina Ružić Gorenjec

IBMI, Medicinska fakulteta UL

14. maj 2020 (posodobljeno 5. 6. 2020)

Epidemija COVID-19 v Sloveniji je v fazi sproščanja ukrepov. Ključnega pomena je, da v primeru ponovnega zagona epidemije pravočasno in primerno odreagiramo. Postavlja se vprašanje, na kakšen način in preko katerih podatkov lahko čim bolj natančno ocenimo, kdaj je prišlo do morebitnega novega zagona. Znano je, da so podatki o smrtih najbolj zanesljivi, vendar pa se smrti zgodijo z velikim zamikom glede na okužbo. Ob ocenjevanju preko smrti bi bili zato prepozni, podobno je s hospitalizacijami. Prva informacija, ki je na voljo, so seveda potrjeno okuženi, temeljni pomislek za njihovo uporabo pa je vpliv strategije testiranja. Kljub temu je naše mnenje (ki temelji na nekaterih opravljenih simulacijah), da manjša odstopanja od strategije (npr. intenzivnejše testiranje v nekem domu starejših občanov) ne vplivajo bistveno na delež potrjeno okuženih izmed testiranih v enem dnevu.

Predlagamo uporabo podatkov o deležu potrjeno okuženih izmed testiranih za določanje zgornje meje za še sprejemljive vrednosti. Pri tem uporabimo že razvito metodologijo, ki za zaporedje po velikosti urejenih vrednosti (v tem primeru delež potrjeno pozitivnih izmed testiranih) določi prag, do katerega je še možno, da imajo vrednosti enako povprečje. Natančen opis metodologije, ki upošteva ocenjene deleže z njihovo standardno napako in temelji na Monte Carlo pristopu, je v članku Random Cancers as Supported by Registry Data, avtorjev Stare, Henderson in Ružić Gorenjec, ki je bil sprejet v objavo maja 2020 v reviji Statistics in Medicine. Koda, ki implementira metodo v programskem jeziku R, je dostopna na tej povezavi.

Na spodnji sliki so prikazani urejeni deleži potrjeno okuženih izmed testiranih za obdobje od 4. 3. do 1. 5. 2020, na podlagi katerih po opisani metodologiji najprej določimo prvi prag 0.019 (zeleno območje). Nato vrednosti do tega praga odstranimo, še enkrat uporabimo metodo in dobimo še drugi prag 0.044 (modro območje). Vrednosti nad 0.044 so v t. i. rdečem območju, ko je bil delež okuženih največji.

Isti podatki in pragova so prikazani na drugi sliki, tokrat urejeni po dnevih. Navpična zelena črta prikazuje prvi dan, od katerega dalje so vse vrednosti v zelenem območju, navpična modra črta pa prvi dan, od katerega dalje so vse vrednosti v modrem ali zelenem območju.

Na zadnji sliki spremljamo deleže po 1. 5. 2020 in opazujemo, v katero območje se uvrstijo. Ob preskoku iz zelenega v modro območje (ali nadalje v rdeče) velja premisliti o strožjih ukrepih, do takrat pa podatki o deležu potrjeno okuženih izmed testiranih ne nasprotujejo domnevi, da so razlike med deleži posledica naključne variabilnosti. Alarm (prva črta) je zaenkrat nastavljen pri vrednosti p = 0.05, lahko ga poljubno spremenimo.

Delež dnevno okuženih bomo dnevno posodabljali s podatki iz COVID-19 sledilnika.

Na kratko o IBMI

Inštitut za biostatistiko in medicinsko informatiko (IBMI), prej Inštitut za biomedicinsko informatiko (torej tudi IBMI), je Medicinska fakulteta ustanovila leta 1973 kot izraz potrebe po izvajanju in usklajevanju del, vezanih na analizo podatkov in posredovanje informacij. Program dela in razvoja se je skozi čas prilagajal predvsem spremembam pri financiranju in tehnološkemu napredku, vendar so temeljne smernice ostale enake: inštitut se predvsem posveča dejavnostim, ki so pomembne za raziskovalno delo v medicini. Te pa lahko razdelimo na:

Kontakt

Inštitut za biostatistiko in medicinsko informatiko
Medicinska fakulteta
Univerza v Ljubljani
Vrazov trg 2, 1000 Ljubljana, Slovenija

tel: (01) 543-77-70
fax: (01) 543-77-71
email: ibmi (at) mf.uni-lj.si